Hay que editar una entrada del registro.

Ejecuta “regedit” accede ShellIconOverlayIdentifiers (tienes la opcion de buscar).

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ShellIconOverlayIdentifiers

Y editas los nombres de los iconos para que aparezcan los primeros, en este caso he seguido la recomendación y he añadido 3 espacios en blanco.

Luego reinicia desde el administrador de tareas “Explorador de Windows”

Fuente: http://stackoverflow.com/questions/12069772/svn-icon-overlays-not-showing-properly

Problema resuelto.